A fejőgép rendszeres és igen alapos tisztítása, fertőtlenítése elengedhetetlen nemcsak a tej tisztasága, hanem a tehén egészségének megőrzése szempontjából is. A fejőgépet minden egyes fejés után meg kell mosni.

Ügyeljünk arra, hogy tiszta vizet használjunk. Először kívül, majd belül mossuk meg a berendezést. Először hideg vizet használva, utána meleg vizes és lúgos, mosószeres mosás következzék. A víz azonban ne legyen 50 ^oC-nál melegebb, mert a magas hőfok már ártalmas lenne a fejőgép gumialkatrészeire. A mosószert ugyancsak tiszta vízzel kell leöblíteni a fejőgépről és a csövekről. Ezt követően fertőtlenítőszerrel mossunk át minden tejjel érintkező alkatrészt, végül pedig ismét tiszta, hideg vizes öblítés következzék. A megmosott, fertőtlenített fejőgépet tiszta, pormentes helyiségben tároljuk.

Ne mulasszuk el a fejőgépet tartó állványt is tisztán tartani. A gumialkatrészekből inkább két garnitúrát szerezzünk be, és felváltva használjuk, mivel a pihentetéssel jelentősen növelhető az élettartamuk.